بررسی بیوانفورماتیکی ژن آسیل کریر پروتئین (ACP) در یوکاریوت‌ها و پروکاریوت‌ها
نویسندگان
چکیده مقاله:
مسیر بیوسنتز اسید چرب یکی از مسیرهای مهم در بدن اکثر موجودات (پروکاریوت‌ها و یوکاریوت‌ها) است که آنزیم Acyl carrier protein (ACP) نقش مهمی در مسیر بیوسنتز اسید چرب دارد. هدف از این مطالعه آنالیز in silico و فیلوژنتیکی ژن ACP است. با آنالیز های بیشتر مشخص شد که ژنACP در پروکاریوت‌ها دارای 4 اگزون و 3 اینترون و 2mRNA و در یوکاریوت‌ها دارای 13 اگزون، 12 اینترون و 9 mRNA است. این پروتئین در یوکاریوت‌های گیاهی دارای هدف‌گیری میتوکندریایی و در پروکاریوت به مناطقی غیر از میتوکندری هدف‌گیری می‌شود و جزو پروتئین‌های ترشحی نیز نمی‌باشد. نتایج همردیفی چندگانه با استفاده از T-coffee نشان داد که ژن ACP در بین گونه‌های باکتریایی محافظت شده‌تر از گونه‌های گیاهی می‌باشد. آنالیز فیلوژنتیکی پروتئین ACP در پروکاریوت‌ها مشخص کرد که به جز یک خوشه، در بقیه‌ی موارد باکتری‌های گرم مثبت در یک خوشه و باکتری‌های گرم منفی در خوشه‌ی دیگر قرار گرفتند. در یوکاریوت‌ها گونه‌های مختلف گیاهی به طور پراکنده در خوشه‌های مختلف قرار می‌گیرند و نتایج کلاستربندی در یوکاریوت‌ها ربطی به گونه‌ی موجود ندارد. بعلاوه در بررسی همزمان پروتئین ACP در یوکاریوت‌ها و پروکاریوت‌ها مشخص شد که یوکاریوت‌ها و پروکاریوت‌ها در بعضی خوشه‌ها کنار همدیگر قرار می‌گیرند که ناشی از شباهت توالی این پروتئین در این گونه‌ها می‌باشد. مقایسه ساختار ثانویه پروتئین در یوکاریوت‌ها و پروکاریوت‌ها نشان داد که تعداد صفحات آلفا و بتا در پروکاریوت‌ها در مقایسه با یوکاریوت بیشتر است. مدل‌سازی سه بعدی این پروتئین در گندم (به عنوان نماینده یوکاریوت‌ها) و باکتری Clostridioides difficile 630 (به عنوان نماینده پروکاریوت‌ها) به روش همولوژی مدلینگ و با استفاده از پایگاه داده Swiss Model پس از انتخاب الگوی مناسب با میزان شباهت بالا که از پایگاه داده PDB استخراج شدند، انجام گرفت. جهت اعتبارسنجی ساختاری مدل ترسیم شده سه بعدی و آنالیز استرئوشیمیایی، نمودار راماچاندران ترسیم و زوایای دی‌هیدرال محاسبه شدند. نتایج ارزیابی کیفیت ساختاری نشان داد که مدل‌های پیشنهادی دارای کیفیت و پایداری مناسبی می‌باشند. مطالعه ساختار پروتئین می‌تواند به درک عملکرد پروتئین کمک کند و بررسی جزئیات ساختار آن می‌تواند در مطالعات جایگاه فعال پروتئین و داکینگ سودمند باشد.
منابع مشابه
طراحی مدل‌های پیش‌بینی، جهت تعیین ساختار آنزیم استریول آسیل کریر پروتئین دیسچوراز 1
زمینه و هدف: اسیدهای چرب ضروری مانند آلفا لینولئیک اسید به‌عنوان یک امگا-3 و آلفا لینولئیک اسید به‌عنوان یک امگا-6 در سلول‌های انسانی تولید نمی‌شوند. بنابراین، به‌وسیله منابع غذایی مانند ماهی، روغن سویا، دانه کتان و دانه‌های آفتابگردان تأمین می‌شوند. مراحل تولید آلفا لینولئیک اسید توسط 6 آنزیم صورت می‌گیرد که یکی از آنها آسیل کریر پروتئین دیسچوراز است. این مطالعه با هدف طراحی مدل‌های پیش‌بینی ج...
متن کاملطراحی مدل های پیش بینی، جهت تعیین ساختار آنزیم استریول آسیل کریر پروتئین دیسچوراز ۱
زمینه و هدف: اسیدهای چرب ضروری مانند آلفا لینولئیک اسید به عنوان یک امگا-3 و آلفا لینولئیک اسید به عنوان یک امگا-6 در سلول های انسانی تولید نمی شوند. بنابراین، به وسیله منابع غذایی مانند ماهی، روغن سویا، دانه کتان و دانه های آفتابگردان تأمین می شوند. مراحل تولید آلفا لینولئیک اسید توسط 6 آنزیم صورت می گیرد که یکی از آنها آسیل کریر پروتئین دیسچوراز است. این مطالعه با هدف طراحی مدل های پیش بینی ج...
متن کاملشناسایی، همسانه‌سازی و آنالیز بیوانفورماتیکی ژن کدکننده پروتئین NIa ویروس موزاییک نواری گندم (WSMV)
ویروس موزاییک نواری گندم از مهم‌ترین آلودگی‌های گندم محسوب می‌شود که شیوع آن در ایران نیز رو به افزایش است. پروتئین NIa یکی از انواع پروتئین‌های حیاتی موجود در این ویروس است که دارای وظایف مهمی در همانندسازی، تکثیر و هضم پروتئولیتیک پلی پروتئین ویروسی می‌باشد. با توجه به نقش حیاتی پروتئین NIa در آلودگی ویروسی، هدف از مطالعه حاضر جداسازی، تعیین توالی و بررسی دقیق ساختار دوم و سوم این پروتئین بود...
متن کاملشناسایی، همسانه‌سازی و آنالیز بیوانفورماتیکی ژن کدکننده پروتئین NIa ویروس موزاییک نواری گندم (WSMV)
ویروس موزاییک نواری گندم از مهم‌ترین آلودگی‌های گندم محسوب می‌شود که شیوع آن در ایران نیز رو به افزایش است. پروتئین NIa یکی از انواع پروتئین‌های حیاتی موجود در این ویروس است که دارای وظایف مهمی در همانندسازی، تکثیر و هضم پروتئولیتیک پلی پروتئین ویروسی می‌باشد. با توجه به نقش حیاتی پروتئین NIa در آلودگی ویروسی، هدف از مطالعه حاضر جداسازی، تعیین توالی و بررسی دقیق ساختار دوم و سوم این پروتئین بود...
متن کاملمطالعه بیوانفورماتیکی توالی‌های پروتئین آلیناز در گیاهان
آلیناز (EC 4.4.1.4) آنزیمی وابسته به پیریدوکسال فسفات است که تبدیل آلین به آلیسین را انجام می‌دهد. آلیسین ترکیبی ارگانوسولفوره با ویژگی‌های ضد‌میکروبی، ضد‌سرطانی، ضد‌دیابتی و آنتی‌اکسیدانی است. مطالعه بر روی آلیناز و درک چگونگی تنظیم تولید آلیسین برای تولید در محل آن جهت مصارف کلنیکی ضروری است. در این مطالعه، توالی‌های پروتئین آلیناز گیاهی از سایت ExPASy و NCBI دریافت‌شدند و با ClustalW همردیفی...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 7 شماره 17
صفحات 15- 29
تاریخ انتشار 2017-06-21
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023